НИЛ биохимии
Старший научный сотрудник
Основные направления работы
Проведение исследований в комбинации метаболомных с геномными, транскиптомными и протеомными для изучения новых терапевтических мишеней при различных патологических состояниях.
Направления исследований
Появление хроматомасс-спектрометрической системы maXis impact (Bruker, Германия) высокого разрешения позволило приступить к исследованиям в области метаболомного анализа. Данная система относится к квадрупольно-времяпролетного масс-спектрометрам с источником ионов электроспрей. В тандеме с системой ультравысокоэффективной жидкостной хроматографии она позволяет проводить анализ низкомолекулярных соединений различной природы без предварительной дериватизации и идеально подходит для работ по обзорной метаболомике.
Под метаболомом подразумевают полный набор низкомолекулярный соединений (менее 2000 Да). Метаболом является конечным продуктом всех биохимических процессов и его изменение является ответом организма на внутренние и внешние факторы. Данный поход позволяет изучать метаболические изменения как на уровне всего организма, при проведении экспериментов в условиях in vivo и анализе биологических материалов, полученных в клинической практике, так и на клеточных моделях in vitro. В первом случае объектом исследований являются такие биологические объекты как компоненты крови (плазма, сыворотка), спинномозговая жидкость или моча. Следует отметить, что окружающая среда, микробиота и различия в рационе питания вносят существенный вклад в метаболический профиль. Во втором случае культуры клеток позволяют изучить нарушения на более тонком уровне.
Для решения поставленных задач проводится разработка и совершенствование методов хроматомасс-спектрометрического анализа низкомолекулярных соединений с последующей обработкой полученных данных с использованием биоинформатических подходов. Поскольку результатом одного анализа является набор от 1000 до 5000 сигналов с уникальной массой и временем удерживания необходимо использовать специализированное программное обеспечение, которое позволяет сравнивать выборки для выявления различий между группами и выявлять метаболические пути вовлеченные в процессы изменения гомеостаза.
Участие в государственных заданиях
С 2018 по настоящее время сотрудники НИЛ биохимии принимают участие в государственных заданиях:
- «Тестирование эффектов сочетанного применения периодической пневматической компрессии и программируемой электромиостимуляции для лечения нарушений артериального кровотока в конечностях» под руководством Крутикова А.Н.
- «Циркулирующие микрочастицы в качестве эндогенных носителей нуклеиновых кислот при патогенезе воспалительных и ишемических состояний сердечно-сосудистой системы» под руководством Федорова А.В.
- «Разработка и создание автоматизированной системы принятия решения в выборе тактики ведения амиодарон-индуцированного тиреотокикоза».
В рамках выполнения государственного задания разработана и апробирована методика определения амиодарона и его основного метаболита дезэтиламиодарона в плазме крови. Соотношение концентраций лекарственного препарата и его метаболита может использоваться как потенциальный маркер диагностики тиреотоксикоза на ранних стадиях.
Участие в грантах
«Протеомный подход в исследовании объектов культурного наследия», грант РНФ №19-73-00135 (2019 – 2021 гг., руководитель Дубровский Я.А.).
«Методы анализа больших неструктурированных данных для разработки системы оценки прогноза восстановления интегративной функции мозга и создания методов лечения в условиях нарушенного сознания- сочетания выпадения и новой патологической интеграции организма», грант РФФИ №19-29-01066 (2019 – 2021 гг., руководитель Кондратьева Е.А.).
В рамках выполнения гранта проводится поиск низкомолекулярных прогностически значимых маркеров функционального состояния мозга.
Babakov V.N., Dubrovskii Y.A., Shreiner E.V., Keltsieva O.A., Sukhodolov N.G., Podolskaya E.P., Shilovskikh V.V., Zorin I.M., Zenkevich I.G., Selyutin A.A. Application of lanthanum stearate monolayers as a metal-affinity sorbent for the selective sorption of soman adducts to human serum albumin. Talanta. 2019. Т. 195. С. 728-731. IF 5,339. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0039914018312554.
Dubrovskii Y., Solovyev N., Murashko E., Chuprina O., Beltyukov P., Radilov A., Babakov V. Mass spectrometry based proteomic approach for the screening of butyrylcholinesterase adduct formation with organophosphates. Talanta. 2019. Т. 197. С. 374-382. IF 5,339. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0039914019300591.
Popova P.V., Vasileva L.B., Tkachuk A.S., Puzanov M.V., Bolotko Y.A., Pustozerov E.A., Gerasimov A.S., Zazerskaya I.E., Li O.A., Vasileva E.Yu., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Grineva E.N. Association of tribbles homologue 1 gene expression in human umbilical vein endothelial cells with duration of intrauterine exposure to hyperglycaemia. Genetical Research. 2018. Т. 100. С. e3. IF 4,015. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29502537/.
Abzianidze V.V., Beltyukov P.P., Dubrovskii Y.A., Kuznetsov V.A., Zakharenkova S.A., Trishin Y.G., Moiseeva N.I., Polukeev V.A., Mejia J.E., Holder A.A. Towards lead compounds as anti-cancer agents via new phaeosphaeride a derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 2019. Т. 29. № 1. С. 59-61. IF 2,572. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0960894X1830859X.
Popova P.V., Vasilieva L.B., Tkachuk A.S., Puzanov M., Golovkin A.S., Bolotko Y., Pustozerov E.A., Vasilyeva E., Li O., Zazerskaya I.E., Dmitrieva R.I., Kostareva A.A., Grineva E.N. A randomised, controlled study of different glycaemic targets during gestational diabetes treatment: effect on the level of adipokines in cord blood and angptl4 expression in human umbilical vein endothelial cellsinternational. Journal of Endocrinology. 2018. Т. 2018. С. 6481658. IF 2,18. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29861725/.
Puzanov M.V., Vasilyeva L.B., Dmitrieva R.I., Popova P.V., Grineva E.N. New approach to cryopreservation of primary noncultivated human umbilical vein endothelium in biobanking. Biopreservation and Biobanking. 2018. Т. 16. № 2. С. 114-119. IF 1,362. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29363992/.
Мурашко Е.А., Дубровский Я.А., Бабаков В.Н. Аддукты фосфорорганических отравляющих веществ с белками крови как маркёры отравления. Медицина экстремальных ситуаций. 2019. № S1. С. 14-29. IF 0,603. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=37395534.
Васильева Л.Б., Ткачук А.С., Вахрушев Ю.А., Попова П.В., Дмитриева Р.И. Angptl4 как маркер эндотелиальной дисфункции при гестационном сахарном диабете. Трансляционная медицина. 2018. Т. 5. № S3. С. 270. IF 0,274. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=35182377.