НИО атеросклероза
Основные направления научной деятельности
Основными направлениями деятельности отдела является изучение молекулярных факторов, ассоциированных с гладкомышечными клетками в процессах формирования и дестабилизации атеросклеротических бляшек, а также в процессе формирования рестенозов после рекоконструктивных операций.
Структура отдела
Участие в государственных заданиях
С 2019 года по 2021 сотрудники НИО выполняли тему государственного задания: «Разработка и внедрение новых молекулярно-генетических и протеомных подходов для диагностики первичных и вторичных кардиомиопатий с целью подбора персонифицированной терапии и прогнозирования». Руководитель: Костарева А.А.
В рамках работы проводилась генетическая диагностика, выявление причинных мутаций с помощью секвенирования по Сенгеру и секвенирования нового поколения, верификация обнаруженных генетических вариантов методом секвенирования по Сернегу, определение степени их патогенности с помощью различных биоинформатических программных пакетов и соотнесение их с классификацией Американского общества медицинской генетики.
В результате проведенных научно-исследовательских работ были получены данные о нуклеотидных последовательностях генов, ассоциированных с редкими и недифференцированными вариантами кардиомиопатий – некомпактным миокардом левого желудочка.
А — хроматограмма секвенирования по Сенгеру. В — морфологическая картина миодистрофии. С, D – снижение экспрессии миоферлина на уровне белка и РНК в тканях. E,F – внутриклеточные агрегаты миоферлина.
Описанные в работе клинические случаи легли в основу научных публикаций в рейтинговых отечественных журналах, входящих в базы данных Scopus.
С 2021 года по 2022 сотрудники НИО выполняют тему государственного задания: «Тканеинженерные биоматериалы, стимулирующие регенеративный потенциал тканей за счет улучшенной пространственной архитектуры и сниженного воспалительного ответа». Руководитель: Головкин А.С.
Проведенное тестирование биополимеров с позиции их адгезионного потенциала и жизнеспособности адгезировавшихся клеток продемонстрировало некоторую противоречивость результатов. Так, для полимолочной кислоты неплохой адгезионный потенциал сочетался с повышенной клеточной гибелью. PLDL обладал средней биосовместимостью при сокультивировании. PCL PLA обладал низкими адгезионными свойствами в отношении МСК, однако на его поверхности было обнаружено наибольшее количество жизнеспособных клеток.
Пример работы макроса по подсчету ядер, окрашенных DAPI (А) и выделению контуров клеток, окрашенных антителами к винкулину (Б), по интенсивности флуоресценции в соответствующих каналах
По результатам исследования поликапролактон обладал низкой биосовместимостью в отношении МСК. Это согласуется с большим массивом литературных данных, подтверждающих необходимость модификации этого полимера с целью увеличения его адгезионных свойств, и, в целом, повышения биосовместимости. Однако встречаются исследования, в которых PCL проявлял себя лучше, чем другие полимеры.
Было показано, что PLA показала лучшие адгезионные свойства по сравнению с PCL. В то же время, анализ жизнеспособности клеток на поверхности PLA выявил повышенное количество клеток в стадии раннего и позднего апоптоза и некроза.
Полученные результаты могут стать обоснованием для направленного улучшения биосовместимых свойств скаффолдов из биодеградируемых полимеров.
Участие в грантах
Сотрудники НИО проводят научные исследования в качестве исполнителей и соисполнителей в рамках грантов:
16-15-10178/16 «Исследование механизмов нарушения регенерации скелетной мускулатуры и патологического замещения функциональной мышечной ткани на жировую». Руководитель: Дмитриева Р.И.
18-14-00152 от 12.04.2018 «Молекулярно-генетические механизмы кальцификации сердца и сосудов». Руководитель: Малашичева А.Б.
20-15-00271 от 20.05.2020 «Роль цитоскелетных и Z-диск ассоциированных белков в патогенезе заболеваний миокарда и скелетной мускулатуры». Руководитель: Костарева А.А.
2022 год
Dubrovskii Y., Krivul’ko T., Gavrilenko L., Solovyev N. Targeted proteomics for the analysis of cultural heritage: application of broadband collision-induced dissociation mass spectrometry. Analytical and Bioanalytical Chemistry. 2022. If: 3,286. doi: 10.1007/s00216-021-03805-7. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34977977/
Perepelina K., Khudiakov A., Rodina N., Boytsov A., Vavilova T., Zlotina A., Sokolnikova P., Kostareva A. Generation of ipsc line famrci010-a from patient with restrictive cardiomyopathy carrying genetic variant flnc p.gly2011arg. Stem Cell Research. 2022. Т. 59. С. 102639. If: 2,02. 10.1016/j.scr.2021.102639. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1873506121004864.
Rodina N., Khudiakov A., Perepelina K., Muravyev A., Boytsov A., Zlotina A., Sokolnikova P., Kostareva A. Generation of iPSC line (FAMRCi009-A) from patient with familial progressive cardiac conduction disorder carrying genetic variant FLNC p.Val2264Met. Stem cell research. 2022. Т. 59. С. 102640. If: 2,02. doi: 10.1016/j.scr.2021.102640. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34971933/
2021 год
Dubashynskaya N.V., Raik S.V., Poshina D.N., Dobrodumov A.V., Skorik Y.A., Dubrovskii Y.A., Shasherina A.Y., Anufrikov Y.A., Shcherbakova E.S., Demyanova E.V. Hyaluronan/colistin polyelectrolyte complexes: promising antiinfective drug delivery systems. International Journal of Biological Macromolecules. 2021. Т. 187. С. 157-165. If: 8,025. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2021.07.114. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34298050/
Dubashynskaya N.V., Raik S.V., Poshina D.N., Skorik Y.A., Dubrovskii Y.A., Shasherina A.Y., Anufrikov Y.A., Demyanova E.V., Shcherbakova E.S. Hyaluronan/diethylaminoethyl chitosan polyelectrolyte complexes as carriers for improved colistin delivery. International Journal of Molecular Sciences. 2021. Т. 22. № 16. If: 4,556. doi: 10.3390/ijms22168381. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34445088/
Dubashynskaya N.V., Bokatyi A.N., Skorik Y.A., Golovkin A.S., Dubrovskii Y.A., Kudryavtsev I.V., Serebryakova M.K., Trulioff A.S. Synthesis and characterization of novel succinyl chitosan-dexamethasone conjugates for potential intravitreal dexamethasone delivery. International Journal of Molecular Sciences. 2021. Т. 22. № 20. If: 4,556. 10.3390/ijms222010960. Режим доступа: https://www.mdpi.com/1422—0067/22/20/10960
Popova P.V., Klyushina A.A., Vasilyeva L.B., Tkachuk A.S., Vasukova E.A., Anopova A.D., Pustozerov E.A., Gorelova I.V., Kravchuk E.N., Li O., Pervunina T.M., Kostareva A.A., Grineva E.N. Association of common genetic risk variants with gestational diabetes mellitus and their role in gdm prediction. Frontiers in Endocrinology. 2021. Т. 12. С. 628582. If: 3,675. doi: 10.3389/fendo.2021.628582. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33953693/
2020 год
Krenev I.A., Umnyakova E.S., Gorbunov N.P., Pozolotin V.A., Komlev A.S., Shamova O.V., Berlov M.N., Dubrovskii Y.A., Eliseev I.E., Panteleev P.V., Balandin S.V., Ovchinnikova T.V. Antimicrobial peptide arenicin-1 derivative ar-1- (c/a) as complement system modulator. Marine Drugs. 2020. Т. 18. № 12. If: 6,085. doi: 10.3390/md18120631. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33321960/
Khudiakov A., Zaytseva A., Perepelina K., Smolina N., Pervunina T., Vasichkina E., Karpushev A., Malashicheva A., Kostareva A., Tomilin A. Sodium current abnormalities and deregulation of Wnt/β-catenin signaling in iPSC-derived cardiomyocytes generated from patient with arrhythmogenic cardiomyopathy harboring compound genetic variants in plakophilin 2 gene. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)/Molecular Basis of Disease. 2020. Т. 1866. № 11. С. 165915. If: 3,991. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165915. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32768677/
Smolina N., Khudiakov A., Knyazeva A., Zlotina A., Sukhareva K., Kondratov K., Kostareva A., Sejersen T., Gogvadze V., Zhivotovsky B. Desmin mutations result in mitochondrial dysfunction regardless of their aggregation properties. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)/Molecular Basis of Disease. 2020. Т. 1866. № 6. С. 165745. If: 3,991. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925443920300909.
Kozyrev I., Dokshin P., Kostina A., Kiselev A., Ignatieva E., Golovkin A., Pervunina T., Grekhov E., Gordeev M., Kostareva A., Malashicheva A. Dysregulation of notch signaling in cardiac mesenchymal cells of patients with tetralogy of fallot. Pediatric Research. 2020. Т. 88. № 1. С. 38-47. If: 3,75. doi: 10.1016/j.bbadis.2020.165745. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32105824/
Fedorov A.V., Kondratov K.A., Kostareva A.A., Golovkin A.S., Kishenko V., Vavilova T.V., Sirotkina O.V., Mikhailovskii V., Kudryavtsev I., Belyakova M., Sidorkevich S.V. Application of high-sensitivity flow cytometry in combination with low-voltage scanning electron microscopy for characterization of nanosized objects during platelet concentrate storage. Platelets. 2020. Т. 31. № 2. С. 226-235. IF 3,378. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30977703/.
Kondratov K., Fedorov A., Kostareva A., Golovkin A., Nikitin Y., Ivanov A., Mikhailovskii V., Isakov D. Heterogeneity of the nucleic acid repertoire of plasma extracellular vesicles demonstrated using high-sensitivity fluorescence-activated sorting. Journal of extracellular vesicles. 2020. Т. 9. № 1. С. 1743139. IF 14,976. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32341769/.
Паншин Д.Д., Кондратов К.А. На эффективность иммунопреципитации комплексов микрорнк и белка ago2 из плазмы крови человека влияет последовательность процедур. Молекулярная биология. 2020. Т. 54. № 2. С. 244-251. IF 1,023. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=42414285.
2019 год
Babakov V.N., Dubrovskii Y.A., Shreiner E.V., Keltsieva O.A., Sukhodolov N.G., Podolskaya E.P., Shilovskikh V.V., Zorin I.M., Zenkevich I.G., Selyutin A.A. Application of lanthanum stearate monolayers as a metal-affinity sorbent for the selective sorption of soman adducts to human serum albumin. Talanta. 2019. Т. 195. С. 728-731. IF 5,339. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0039914018312554.
Dubrovskii Y., Solovyev N., Murashko E., Chuprina O., Beltyukov P., Radilov A., Babakov V. Mass spectrometry based proteomic approach for the screening of butyrylcholinesterase adduct formation with organophosphates. Talanta. 2019. Т. 197. С. 374-382. IF 5,339. Режим доступа: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0039914019300591.
Tokarevich N.K., Panferova Y.A., Freylikhman O.A., Blinova O.V., Medvedev S.G., Mironov S.V., Grigoryeva L.A., Tretyakov K.A., Dimova T., Zaharieva M.M., Najdenski H., Nikolov B., Zehtindjiev P. Coxiella burnetii in ticks and wild birds. Ticks and Tick-borne Diseases. 2019. Т. 10. № 2. С. 377-385. IF 3,27. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30509727/.
Baysa A., Valen G., Stensløkken K.O., Fedorov A.V., Kondratov K.A., Minasyan S.M., Galagudza M.M., Popov M., Kurapeev D.I., Yakovlev A., Kostareva A.A., Ruusalepp A., Vaage J. Release of mitochondrial and nuclear dna during on-pump heart surgery: kinetics and relation to extracellular vesicles. Journal of Cardiovascular Translational Research. 2019. Т. 12. № 3. С. 184-192. IF 2,48. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30542983/.
Grigoryeva L.A., Samoylova E.P., Tokarevich N.K., Freilikhman O.A., Lunina G.A. Seasonal changes in populations of sheep tick, ixodes ricinus (l., 1758) (acari: ixodinae) in natural biotopes of st. Petersburg and leningrad province, russian federation. Systematic & Applied Acarology. 2019. Т. 24. № 4. С. 701-710. IF 1,76. Режим доступа: https://www.researchgate.net/publication/332765822_Seasonal_changes_in_populations_of_sheep_tick_Ixodes_ricinus_L_1758_Acari_Ixodinae_in_natural_biotopes_of_St_Petersburg_and_Leningrad_province_Russian_Federation.
2018 год
Popova P.V., Vasileva L.B., Tkachuk A.S., Puzanov M.V., Bolotko Y.A., Pustozerov E.A., Gerasimov A.S., Zazerskaya I.E., Li O.A., Vasileva E.Yu., Kostareva A.A., Dmitrieva R.I., Grineva E.N. Association of tribbles homologue 1 gene expression in human umbilical vein endothelial cells with duration of intrauterine exposure to hyperglycaemia. Genetical Research. 2018. Т. 100. С. e3. IF 4,015. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29502537/.
Ваганова А.Н., Шабалина А.В., Фрейлихман О.А., Заручейнова О.В., Савельева Е.Л., Вербов В.Н. Связь мутаций в гене parc с устойчивостью mycoplasma hominis к фторхинолонам. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018. Т. 20. № S1. С. 14. IF 1,395. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=37358751.
Иртюга О.Б., Фрейлихман О.А., Кривоносов Д.С., Малашичева А.Б., Тарновская С.И., Успенский В.Е., Гордеев М.Л., Ротарь О.П., Костарева А.А., Моисеева О.М. Роль гена notch1 в формировании аневризмы аорты. Российский кардиологический журнал. 2018. Т. 23. № 7. С. 53-59. IF 1,082. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=35357730.
2017 год
Irtyuga O.B., Malashicheva A.B., Zhiduleva E.V., Freilikhman O.A., Rotar O.P., Back M., Tarnovskaya S.I., Kostareva A.A., Moiseeva O.M. Notch1 mutations in aortic stenosis: association with osteoprotegerin/rank/rankl. BioMed Research International. 2017. Т. 2017. С. 6917907. IF 2,276. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28246602/.
Патент на изобретение RU 2683029 C1, 26.03.2019. Заявка № 2018120414 от 01.06.2018.
«Способ выявления и количественной оценки содержания ДНК U. diversum методом ПЦР в реальном времени в материале от взрослого крупного рогатого скота».
Авторы: Ваганова А.Н., Фрейлихман О.А., Борисенко С.В., Рока В.В., Вербов В.Н.
Патент на изобретение RU 2525059 C2, 10.08.2014. Заявка № 2012130988/10 от 19.07.2012.
«Набор для выявления возбудителя ку-лихорадки в биологическом материале методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (пцр-рв)».
Авторы: Фрейлихман О.А., Токаревич Н.К., Панфёрова Ю.А.