НИО микробиологии и внутрибольничных инфекций

jacqueline-kelly-PeUJyoylfe4_0 sarah-shaffer-O3gOgPB4sRU_0

Баранцевич Елена Петровна
Заведующий отделом, д.м.н., профессор

Основные задачи

Антимикробная резистентность нозокомиальных возбудителей (грибов, бактерий).
Эпидемиология и молекулярная эпидемиология микроорганизмов, выделенных в области экстремальных широт.

Сотрудники отдела

Эпидемиология и молекулярная эпидемиология резистентных микроорганизмов, вызывающих инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи.
Молекулярно-генетические исследования филогении микроорганизмов и генов антимикробной резистентности.
Исследование микробиоты различных биотопов.

Научные направления

Эпидемиология и молекулярная эпидемиология резистентных микроорганизмов, вызывающих инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи.
Молекулярно-генетические исследования филогении микроорганизмов и генов антимикробной резистентности.
Исследование микробиоты различных биотопов.

Ключевые достижения и результаты деятельности

Результаты исследований, проводимых сотрудниками отдела, позволили определить:

Распространенность резистентности микроорганизмов, вызывающих нозокомиальные инфекции, в Санкт-Петербурге и Ленинградской области.
Выявить возрастание частоты резистентности к карбапенемам у микроорганизмов семейства Enterobacteriaceae; установить молекулярный профиль распространенных в Санкт-Петербург штаммов.

Наиболее распространены среди резистентных Enterobacteriaceae в Санкт-Петербурге гены NDM-1 и OXA-48, что не является типичной картиной, наблюдаемой в мировой практике. Эпидемиологическое исследование распространения резистентных штаммов валидированными методами, а также разработанные сотрудниками молекулярно-генетические тест-системы позволили усовершенствовать эмпирическую и этиотропную терапию внутрибольничных инфекций.

Были получены данные о сходстве состава микроорганизмов в почвах и грунтах Арктических и Антарктических широт, с супердоминированием Geomyces pannorum и Thelebolus microsporus в контрольных почвах, и появлением Trichoderma spp., Penicillium spp. и Ulocladium spp. в антропогенно-загрязненных почвах. Был установлен видовой состав вторично-водных (терригенных) микроскопических грибов в районе Северного морского пути.

Образовательная деятельность

2015—2016 гг. — участие в образовательных программах ВОЗ по антимикробной резистентности и миссии Европейского бюро ВОЗ в Армении.

2015 г. — настоящее время — лекции для сотрудников Центра Алмазова по вопросам диагностики, терапии и профилактики нозокомиальных инфекций.

2019 г. — настоящее время — организация и проведение лекций и практических занятий по медицинской микробиологии для студентов специалитета Института медицинского образования Центра Алмазова.

Участие в государственных заданиях

Государственное задание «Разработка методов диагностики и терапии новой нозокомиальной инфекции, обусловленной Candida auris»

Провели исследование случаев инфекций кровотока, обусловленных С. аuris в многопрофильных стационарах двух регионов Российской Федерации. Выявили отсутствие атрибутивной летальности наряду с высоким уровнем 30-дневной (39,5 %) и общей летальности (55,3 %), в также отсутствие зависимости исходов инфекций кровотока от применяемой антифунгальной терапии при достоверной корреляции положительного прогноза с эрадикацией возбудителя из крови.

При исследовании чувствительности выделенных культур С. аuris к антифунгальным препаратам обнаружили высокий уровень резистентности подавляющего большинства (97,3 %) исследованных штаммов к флуконазолу с МИК50 >256 мг/л, широкое распространение резистентности к альтернативному препарату амфотерицину В с МИК50 2 мг/л и чувствительность к эхинокандинам у всех исследованных штаммов.

При филогенетическом анализе изолятов, выделенных из крови в двух регионах Российской Федерации из крови по региону ITS и домену D1-D2 обнаружили их кластеризацию с штаммами из южноазиатского клада (Рисунок 1).

Рисунок 1 — Филогенетический анализ штаммов, выделенных из крови больных кандидемией, обусловленной C. auris, находившихся на стационарном лечении в многопрофильных стационарах двух различных регионов Российской Федерации по региону ITS

Разработали тест-систему по определению мутаций в гене ERG11, ассоциированного с резистентностью к азолам. Выявили замену K143R во всех исследованных штаммах, характерную для С. аuris южноазиатского происхождения с резистентностью к флуконазолу.

Государственное задание «Разработка тест-системы по определению генов резистентности энтерококков к гликопептидам (vanA/vanB/vanC)»

В ходе исследования оценили распространенность различных видов энтерококков при инфекциях у госпитализированных пациентов и их резистентность к антимикробным препаратам. Показали преобладание вида Enterococcus faecalis (60,7 % штаммов) среди 1562 последовательных культур энтерококков, выделенных из различных биосубстратов, и E. faecium (38,8 % изолятов). Другие виды энтерококков — составили 0,5 % выделенных штаммов. Наиболее высокий уровень резистентности у энтерококков был к эритромицину (84,8%), тетрациклину (75,8 %) и рифампицину (68,8 %).

Частота устойчивости ко всем исследованным антибиотикам, кроме линезолида, была достоверно выше среди изолятов вида E. faecium, по сравнению с E. faecalis. Резистентность к ванкомицину энтерококков составила 5,1 %, ее выявили у 12,7 % штаммов E. faecium и 0,2 % изолятов E. faecalis (p<0,00001). Резистентность к линезолиду обнаружили у 2 внебольничных штаммов E. faecalis.

Среди видов энтерококков, выделенных из крови, также преобладали E. faecalis — 50,6 % и E. faecium — 48,2 % выделенных культур. Резистентность к ванкомицину у E. faecium составила 19,5 %. Все штаммы E. faecalis, изолированные из крови, были чувствительны к ванкомицину (p<0,00001) (Рисунок 2).

Рисунок 2 — Антимикробная резистентность Enterococcus spp., выделенных из биосубстратов госпитализированных пациентов (%)

Выполнили криоконсервацию 27 штаммов резистентных к ванкомицину энтерококков для их последующего исследования.

Участие в крупных международных и отечественных проектах

Сотрудники отдела участвуют в масштабной работе по изучению антропогенной нагрузки на Арктику и Антарктику, анализируя и сравнивая состав микробиологических проб в районах Арктических и Антарктических полярных станций. При исследовании микробиоты были получены данные о сходстве состава микроорганизмов в почвах и грунтах Арктических и Антарктических широт, с супердоминированием Geomyces pannorum и Thelebolus microsporus в контрольных почвах, и появлением Trichoderma spp., Penicillium spp. и Ulocladium spp. в антропогенно-загрязненных почвах. Был установлен видовой состав вторично-водных (терригенных) микроскопических грибов в районе Северного морского пути.

Таким образом, антропогенное воздействие приводит к изменению видового состава, структуры и других характеристик микробиоты в воздухе и почвах арктических территорий и может служить одним из показателей нарушения экосистем экстремальных широт.

Основные публикации

2023 год

Панькова И. Г., Кирцидели И. Ю., Ильюшин В. А., Зеленская М. С., Власов Д. Ю., Гаврило М. В., Баранцевич Е. П. Разнообразие микроскопических грибов на древесине прибрежной зоны острова Хейса (земля Франца-Иосифа) // Микология и фитопатология. — 2023. — Т. 57, № 3. — С. 184—197. ИФ 1,14. DOI: 10.31857/S0026364823030091. Режим доступа: https://journals.rcsi.science/0026—3648/article/view/138068

Кирцидели И. Ю., Ильюшин В. А., Власов Д. Ю., Баранцевич Е. П. Первая находка Bacillicladium lobatum (Chaetothyriales) на Кавказе (вторая находка в мире) // Turczaninowia. — 2023. — Т. 26, № 2. — С. 88—93. ИФ 0,969. DOI: 10.14258/turczaninowia.26.2.6. Режим доступа: http://turczaninowia.asu.ru/article/view/13436

2022 год

Баранцевич Н. Е., Баранцевич Е. П. Diagnosis and Treatment of Invasive Candidiasis // Antibiotics. — 2022. — Vol. 11, № 6. — DOI:10.3390/antibiotics11060718.

Назаров Д., Ежов И., Юдинцева Н. М. et al. Antibacterial and Osteogenic Properties of Ag Nanoparticles and Ag/TiO2 Nanostructures Prepared by Atomic Layer Deposition // Journal of Functional Biomaterials. — 2022. — Vol. 13, № 2. — DOI:10.3390/jfb13020062.

Гладин Д. П., Козлова Н. С., Королюк А. М., Баранцевич Н. Е., Баранов И. А., Хайруллина А. Р., Баранцевич Е. П — Динамика антибиотикорезистентности стафилококков в многопрофильном стационаре — Педиатр 2022; 12 (6): 43-53 DOI:10.17816/PED12643-53.

2021 год

Баранцевич Н. Е., Волкова С. В., Зарицкий А. Ю., Баранцевич Е. П. Антимикробная резистентность энтерококков. Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66. № 9-10. С. 12-16. DOI: 10.37489/0235—2990-2021-66-9-10-12-16. IF 0,167. Режим доступа: https://www.antibiotics-chemotherapy.ru/jour/article/view/854

Баранцевич Н. Е., Леванова В. В., Баранцевич Е. П. Региональные особенности распространения Candida auris. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021. Т. 23. № 2. С. 117-125. DOI: 10.36488/cmac.2021.2.117-125. IF 2,679. Режим доступа: https://cyberleninka.ru/article/n/regionalnye-osobennosti-rasprostraneniya-candida-auris/viewer

Баранцевич Н. Е., Орехова Л. Ю., Баранцевич Е. П. Роль Enterococcus faecalis при апикальном периодонтите. Пародонтология. 2021. Т. 26. № 4. С. 275-283. DOI: 10.33925/1683—3759-2021-26-4-275-283. IF 1,798. Режим доступа: https://cmac-journal.ru/publication/2021/2/cmac-2021-t23-n2-p116/

Широков В. А., Баранцевич Н. Е., Шастин А. С., Газимова В. Г. Заболеваемость взрослого населения Северо-Западного федерального округа острыми нарушениями мозгового кровообращения в период пандемии COVID-19. Известия Российской Военно-медицинской академии. 2021, Т. 40, S4, 115-118. IF 0,646. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=47205215

2020 год

Vlasov D.Y., Abakumov E.V., Zelenskaya M.S., Kirtsideli I.Y., Novozhilov Y.K., Barantsevich E.P. Anthropogenic Invasion of Micromycetes to Undisturbed Ecosystems of the Larsemann Hills Oasis (East Antarctica). Russian Journal of Biological Invasions. 2020. Т. 11. № 3. С. 208-215. DOI: 10.1134/S2075111720030121. IF 0,573. Режим доступа: https://www.researchgate.net/publication/346078856_Anthropogenic_Invasion_of_Micromycetes_to_Undisturbed_Ecosystems_of_the_Larsemann_Hills_Oasis_East_Antarctica

Barantsevich N.E., Vetokhina A.V., Ayushinova N.I., Orlova O.E., Barantsevich E.P. Candida auris Bloodstream Infections in Russia. Antibiotics. 2020. Т. 9. № 9. С. 1-11. DOI: 10.3390/antibiotics9090557. IF 4,19. Режим доступа: https://www.mdpi.com/2079—6382/9/9/557

Кирцидели И. Ю., Власов Д. Ю., Зеленская М. С., Ильюшин В. А., Новожилов Ю. К., Чуркина И. В., Баранцевич Е. П. Оценка антропогенной инвазии микроскопических грибов в арктические экосистемы (архипелаг Шпицберген). Гигиена и санитария. 2020;99 (2):145-151. DOI: 10.47470/0016—9900-2020-99-2-145-151. IF 1,489. Режим доступа: https://www.rjhas.ru/jour/article/view/200?locale=ru_RU

2019 год

Barantsevich, NE; Orlova, OE; Shlyakhto, EV; Johnson, EM; Woodford, N; Lass-Floerl, C; Churkina, IV; Mitrokhin, SD; Shkoda, AS; Barantsevich, EP. Emergence of Candida auris in Russia. JOURNAL OF HOSPITAL INFECTION. 2019; 102 (4): 445-448. DOI: 10.1016/j.jhin.2019.02.021.

Баранцевич Н.Е., Конради А.О., Баранцевич Е.П. Артериальная гипертензия: роль микробиоты кишечника. Артериальная гипертензия. 2019;25 (5):460-466.

Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Видовое разнообразие и метициллинорезистентность стафилококков при нозокомиальных инфекциях. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21 (3):207-211.

2018 год

Кирцидели И.Ю., Власов Д.Ю., Новожилова Ю.К., Абакумов Е.В., Баранцевич Е.П. Оценка антропогенного влияния на микобиоту антарктики в районах российских полярных станций. Сибирский экологический журнал. 2018;25 (5):514-525.

Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Антибиотикорезистентность возбудителей гнойно-септических инфекций в многопрофильном стационаре. Проблемы медицинской микологии. 2018;20 (1):40-48.

Кирцидели И.Ю., Власов Д.Ю., Крыленков В.А., Ролле Н.Н., Баранцевич Е.П., Соколов В.Т. Сравнительное исследование аэромикоты арктических станций по северному морскому пути. Экология человека. 2018;4:16-21.

Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Чувствительность к антимикробным препаратам госпитальных штаммов грамположительных кокков. Успехи медицинской микологии. 2018;18:256-259.

Баранцевич Е.П., Баранцевич Н.Е. Проблемы профилактики инвазивных микозов в отделениях онкогематологии. Успехи медицинской микологии. 2018;18:389-392.

Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Чувствительность к антибиотикам штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многопрофильном стационаре. Инфекция и иммунитет. 2018;8 (1):79-84.

Чернов А.Н., Баранцевич Е.П., Калюнов В.Н., Галагудза М.М. Методы подбора in vitro химиопрепаратов для индивидуальной химиотерапии злокачественных новообразований пациентов неонатология и педиатрия. Трансляционная медицина. 2018;5 (3):45-65.